CHKO Beskydy představuje výjimečné přírodní hodnoty, zejména zbytky původních pralesovitých lesů s výskytem vzácných karpatských živočichů a rostlin. Pozoruhodné jsou také druhově pestré louky a pastviny, unikátní povrchové i podzemní pseudokrasové jevy. Beskydská krajina má dosud mimořádnou estetickou hodnotu, která vznikla historickým soužitím člověka s horami
CHKO Jeseníky je specifická jako členitá hornatina s hluboce zaříznutými údolími a táhlými zaoblenými hřbety. Oblast je významná z několika pohledů. Nejvýznamnější je výskyt vegetace, kterou představují květnaté a kyselé horské bučiny, ve vyšších polohách přirozené smrčiny. Nejbohatší botanickou lokalitou je Velká kotlina se 450 druhy vyšších rostlin.
CHKO Poodří je území se zachovalou údolní nivou řeky Odry, typické a ojedinělé zachovalým vodním režimem s každoročním zaplavováním rozsáhlých částí nivy. Největší hodnoty představují meandry a slepá ramena Odry, množství travních porostů, lužní lesy a rybniční soustavy.