Kraj se po zániku Československa ocitl v poloze severovýchodního pohraničí, na hranicích s Polskem a Slovenskem, nejvíce vzdáleného od přímých kontaktů s metropolí státu a s hospodářskými podněty z vyspělých zemí EU. Velkým nedostatkem kraje z hlediska dopravní infrastruktury je absence přímého napojení na dálniční síť, která není dosud do kraje přivedena. V květnu 2002 byla zahájena stavba dálnice D47 mezi Lipníkem nad Bečvou a polskou hranicí u Bohumína o délce 80,2 km. Silniční komunikační systém se v současnosti opírá o hlavní mezinárodní silnice I/11 (E 75): Opava - Ostrava - Český Těšín - Mosty u Jablunkova a I/48 (E 462): Nový Jičín - Frýdek-Místek - Český Těšín, které procházejí východní částí kraje. V současnosti probíhá jejich modernizace, a to především na silnici I/48, která je upravována na rychlostní komunikaci R48.
Moravskoslezský kraj protínají dva železniční tahy evropského významu, elektrizované tratě č. 270 a č. 320, které jsou součástí druhého a třetího tranzitního železničního koridoru. Modernizace druhého železničního koridoru byla dokončena v roce 2005, modernizace části 3. koridoru vedené po území Moravskoslezského kraje začala v roce 2007.
Silniční i železniční veřejná osobní doprava je postupně integrována v rámci Ostravského dopravního integrovaného systému.
Dosažitelnost regionu letecky je zabezpečována prostřednictvím mezinárodního letiště v Mošnově, druhého největšího letiště v Česku, jehož délka přistávací dráhy 3600 m umožňuje přistávání všech kategorií letadel bez omezení.